Majelis Wali Amanat Universitas Negeri Jakarta merupakan salah satu organ dalam perguruan tinggi Universitas Negeri Jakarta selain organ Rektor dan Senat Akademik Universitas setelah resmi menjadi Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN-BH). Universitas Negeri Jakarta ditetapkan sebagai PTN-BH melalui Peraturan Pemerintah nomor 31 tahun 2024. Selaras dengan peraturan tersebut, Senat Akademik Universitas (SAU) bersama Rektor mengusulkan susunan anggota Majelis Wali Amanat untuk pertama kali kepada Menteri Pendidikan Tinggi, Sains dan Teknologi.

Melalui Keputusan Menteri nomor 155/M/KEP/2024 (16 Desember 2024) telah ditetapkan susunan 17 anggota MWA UNJ untuk periode 2024-2029. Merujuk pada peraturan pemerintah nomor 31 tahun 2024 tersebut, Majelis Wali Amanat merupakan organ tertinggi pada perguruan tinggi badan hukum. Majelis wali amanat memiliki tugas utama merumuskan, menetapkan kebijakan, memberikan pertimbangan pelaksanaan kebijakan umum, serta melakukan pengawasan di bidang nonakademik.Majelis Wali Amanat menjadi representasi dari kepentingan pemerintah, masyarakat dan juga kepentingan universitas itu sendiri.

Majelis Wali Amanat bersama dengan organ Rektor dan Senat Akademik Universitas berkolaborasi dan bersinergi untuk membangun otonomi perguruan tinggi menuju tata kelola perguruang tinggi yang sehat (good university governance), mandiri, inovatif dan bereputasi di tingkat nasional serta internasional agar dapat memberikan pendidikan tinggi yang terbaik bagi mahasiswanya, mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta turut serta mencerdaskan kehidupan bangsa. Status PTN-BH merupakan tingkat otonomi tertinggi bagi perguruan tinggi negeri di Indonesia, memungkinkan kemandirian yang lebih besar dalam tata kelola akademik dan nonakademik, pengelolaan keuangan, dan pengembangan institusi. Transisi ini memberdayakan UNJ untuk menerapkan pendekatan yang lebih inovatif dalam pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sambil mempertahankan akuntabilitas melalui struktur tata kelolanya. MWA, Rektor, dan Senat Akademik merupakan tiga organ UNJ yang bahu membahu mewujudkan otonomi perguruan tinggi yang akuntabel dan berdaya saing.